Ciao Marco!
Come ti ho già consigliato la cosa migliore è sicuramente riportarla in BMW, visto che le riparazioni sono garantite e che non hanno risolto il problema ci sono buone probabilità che te la sistemino gratuitamente.
Per il discorso della fiancata, generalmente prima di lasciare la vettura in assistenza un addetto si fa un giro della vettura con te e ne controlla lo stato annotando varie ammaccature o righe preesistenti in modo da tutelarsi. Se, al momento del ritiro ci sono segni diversi da quelli riscontrati in accettazione non vedo perché non debbano risarcirti.
Il problema in se, ossia che la ventola si accende solo se accendi anche il condizionatore è piuttosto strano, ma sicuramente sarà già capitato, speriamo qui nel forum ci sia qualcuno che possa aiutarti con la sua esperienza.